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Utilisation Basique

module, ou les packages de bio-info sous forme de plug-in utilisables à volonté#

L'environnement module vous permet de modifier dynamiquement votre environnement de travail en utilisant des modulefiles.

Chaque modulefile contient les informations nécessaires à la configuration de votre shell pour un package de bioinfo donné. Classiquement les modulefiles décrivent les modifications de l'environnement (PATH, MANPATH, LDFLAGS, variables d'environnement, etc...) mise en place lors du chargement d'un module.

Des modulefiles correspondant aux différents packages de bio-info installés sur le cluster de calcul sont mis à disposition de tous.

Concrètement :

  • module vous permet de charger à la demande une(des) package(s) bio-info installés sur les cluster de calculs, en spécifiant si besoin est la version du package voulue.
  • module vous permet de modifier votre environnement de travail de manière dynamique.
  • les modules peuvent être chargés ou déchargés en utilisant une ligne de commande.

Pour cela, utilisez

  • module av pour connaître la liste des modules disponibles sur les serveurs de calcul.
  • module load module_name pour charger un module donné et accéder aux outils du package du bio-info correspondant.
  • module unload module_name pour dé-charger un module donné et retirer de votre environnement les outils du package du bio-info correspondant.
  • module list pour connaître à tout moment la liste des modules/packages que vous avez chargés.

Lister les modules disponibles#

Pour savoir quels packages et versions sont disponibles sur le cluster, utilisez la commande

Code Block (text)

tars:~ > module av

Sans argument cette commande affiche la liste de tous les modulefile disponibles, (cette liste peut être très longue).

On peut aussirestreindre la recherche en spécifiant un mot.

Attention ce mot correspond au début du nom du module//package et la recherche est ~~sensible à la casse~~ maintenant insensible à la casse. (modification mise en place mi juin 2014).

Par exemple module av bla vous affichera tous les modules dont le nom commence par bla.

Code Block (text)

tars:~ > module av bla 

------------------------------------------------------------ /local/gensoft2/modules ------------------------------------------------------------
blast/2.2.21                   blast+/2.2.29                  blast2taxonomy/2.1(default)    blat/35(default)
blast/2.2.26(default)          blast2seqids/1.3(default)      blast2usa/1.2(default)
blast+/2.2.28(default)         blast2taxonomy/2.0             blastTaxoAnalysis/1.0(default)

Charger un module dans son environnement#

Pour charger un package//module, utilisez la commande module load module_name. Votre environnement sera alors modifié et vous aurez accès aux outils du package chargé.

Exemple:

Code Block (text)

module load blast/2.2.21

met à votre disposition les commandes du package blast en version 2.2.21. à vous les blastall, formatdb et autre outils.

Lister les module chargés dans l'environnement#

Pour savoir quels sont les modules que vous avez chargé, utilisez la commande module list.

Exemple :

Code Block (text)

tars:~ > module list 
Currently Loaded Modulefiles:
  1) blast/2.2.21       2) html4blast/1.7a    3) blast2seqids/1.3

On voit que l'utilisateur a chargé les 3 modules blast, html4blast et blast2seqids ainsi que les versions de ces 3 packages.

Réinitialiser l'environnement#

Pour restaurer votre environnement à son état initial, utilisez la commande

Code Block (text)

module purge

Cette commande a pour effet de supprimer de l'environnement tous les modules précédemment chargés.

Code Block (text)

tars:~ > module list 
Currently Loaded Modulefiles:
  1) blast/2.2.21       2) html4blast/1.7a    3) blast2seqids/1.3
tars:~ > module purge
tars:~ > module list 
No Modulefiles Currently Loaded

Pour plus de détails sur module, ses commandes et ses possibilités, voir la page utilisation avancée